Secara historis, Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) khususnya IAIN, lahir dari peleburan PTAIN (Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri) yang berkedudukan di Yogyakarta dan mengacu PP. No. 34/ 1950 dan ADIA (Akademi Dinas Ilmu Agama) Jakarta berdasarkan Penetapan Menteri Agama No. 1 tahun 1957 Tgl. 1 Januari 1957. Unifikasi kedua lembaga pendidikan tersebut menjadi IAIN didasarkan atas Peraturan Presiden No. 77 tahun 1960 tanggal 9 Mei 1960, dengan sebutan lain “al-Jami’ah al-Islamiah al-Hukumiyah.”
Pada awalnya, pendirian IAIN hanya dimaksudkan sebagai kelanjutan dari program “memodernisasi” pendidikan Islam tradisional dan mempersiapkan tenaga-tenaga yang dapat mengisi tugas-tugas di bidang keagamaan. Namun, kini tujuan tersebut telah mengalami pergeseran dan perluasan misi, sejalan dengan perkembangan IAIN itu sendiri dalam menjawab tuntutan zaman. Bahkan secara institusional, selain terdapat 14 IAIN di Indonesia, hampir semua IAIN cabang yang ada selama ini telah diubah menjadi STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri). Kendatipun demikian, tampaknya pengembangan kelembagaan tersebut belum menjamin lembaga pendidikan tinggi itu untuk dapat menjadi tempat belajar dengan predikat academic excellence.
Kekhawatiran tersebut sesungguhnya telah menggambarkan betapa kepercayaan terhadap diri sendiri di kalangan umat masih lemah. Selain itu juga menunjukkan bahwa sampai saat ini belum ada kesepahaman tentang apa sesungguhnya yang disebut ilmu ke- Islam-an itu sendiri. Tidak sedikit orang masih terkungkung oleh pemahaman bahwa yang disebut dengan ilmu Agama Islam adalah ilmu syariah, tarbiyah, ushuluddin, dakwah dan adab, sedangkan lainnya bukan masuk kategori ilmu Agama Islam.
Sementara itu perguruan Tinggi Islam yang terpisah dari PTAI bermula sejak dirintisnya Sekolah Tinggi Islam oleh Mohammad Hatta dan M. Natsir pada bulan Juni 1945, yang kini menjadi UII di Yogyakarta. Perintisan itu sungguh memberikan arti mendalam bagi perintisan intelektualitas muslim di Indonesia hingga detik ini. Pesatnya perkembangan jaman yang membawa begitu banyak problematika hidup dapat diusahakan untuk mendapatkan ilmunya melalui lembaga-lembaga pendidikan khususnya Perguruan Tinggi Islam. Karena ditempat itulah, pengkajian terhadap suatu masalah mendapatkan porsi yang jauh lebih banyak dibanding jenjang pendidikan lainnya. Namun demikian, fakta juga menyebutkan bahwa tak sedikit dari PTAI yang justru hanya menjadi beban bagi umat. Ia tidak melahirkan kader dan tidak memberikan sumbangsih bagi kehidupan umat. Untuk itu, harus ada pemikiran visioner yang memiliki visi yang berlandaskan nilai-nilai ke-Islaman, sehingga diharapkan antara umat dan mahasiswa muslim secara berkesinambungan saling memberikan kontribusinya. Dalam hal ini, aspek dakwah kian menjadi sorotan tajam sejumlah lembaga pendidikan Islam untuk terus dikembangkan menjadi media utama gerak langkah perguruan tinggi.
Perguruan tinggi merupakan organisasi atau lembaga pendidikan yang senantiasa dituntut untuk mengikuti perubahan. Hal ini karena perguruan tinggi itu sendiri adalah institusi pencetak agen-agen perubahan. Perubahan-perubahan tersebut dilakukan agar perguruan tinggi mampu mengikuti perkembangan zaman yang semakin cepat melaju.
Bentuk-bentuk perubahan yang dilakukan oleh perguruan tinggi sangat variatif. Biasanya disesuaikan dengan visi dan misinya dan faktor-faktor pendorong lain. Baik dorongan yang berasal dari internal maupun eksternal perguruan tinggi itu sendiri. Di antara faktor tersebut ada yang didorong oleh keinginan internal para pengelola kampus untuk melakukan perubahan, ada pula yang didorong oleh pihak eksternal. Selain itu juga ada yang disebabkan karena bertemunya dua dorongan itu secara bersama-sama. Sehingga menyebabkan adanya gerakan yang serentak antara kepentingan internal dan eksternal perguruan tinggi.
Menghadapi peradaban modern dewasa ini, yang perlu diselesaikan adalah persoalan-persoalan internal pendidikan Islam yaitu (1) persoalan dikotomik, (2) tujuan dan fungsi lembaga pendidikan Islam, (3) persoalan kurikulum atau materi. Ketiganya saling terkait satu sama lain yang harus diselesaikan secara simultan agar bentuk baru organisasi (lembaga) pendidikan Islam menuju pada integrasi antara ilmu agama dan ilmu umum. Dalam konsep Islam segenap alam semesta dan jagad raya ini beserta isinya termasuk ilmu pengetahuan (fenomena alam dan sosial adalah satu yaitu berasal dari milik dan kuasa Allah SWT).
Secara makro persoalan yang dihadapi lembaga PTAI negeri dan swasta ketika itu adalah bagaimana sistem pendidikan Islam mampu “membaca” dan relevan dengan dinamika perubahan masyarakat. Untuk itu diperlukan rancangan atau disain yang relevan dengan perkembangan dan kebutuhan masyarakat. Kemudian disain pendidikan Islam tersebut dapat dan mampu ditransformasikan atau diproses secara sistematis dalam masyarakat. Persoalan pertama ini lebih bersifat filosofis, yang kedua lebih bersifat metodologis. Pendidikan Islam perlu menghadirkan konstruksi pada dataran wacana filosofis dan metodologis.
PTAI cukup lama “terjebak” dalam tataran dikotomik seperti paparan di atas, tidak semua PTAI siap menerima integrasi keilmuan. Sehingga sebagian PTAI baik negeri maupun swasta masih tetap bertahan sebagai lembaga pendidikan Islam (IAIN-STAIN) yang para lulusannya diharapkan mampu mengisi bidang-bidang keagamaan secara lebih baik. Dengan demikian konsentrasi atau fokus lembaga pendidikan Islam ini pada” ilmu keislaman” semata.
Berbeda dengan di beberapa tempat lain, STAIN Malang yang kini telah berubah menjadi Universitas Islam Negeri Malang berusaha memformat diri menjadi lembaga pendidikan tinggi Islam ideal. Pikiran-pikiran yang pijakan selama ini adalah bahwa perguruan tinggi Islam seharusnya mampu mengantarkan mahasiswa memiliki empat kekuatan, yaitu: (1) kedalaman spiritual, (2) keagungan akhlaq, (3) keluasan ilmu dan (4) kematangan professional. Selama ini perguruan tinggi lebih menekankan aspek akademik, sedangkan pesantren lebih mengedepankan akhlak dan spiritual lewat kultur yang dikembangkan. Jika kedua kekuatan ini (tradisi kampus dan pesantren) dipadukan maka diharapkan melahirkan sosok pendidikan yang lebih mendekati ideal sebagaimana yang ditunggu-tunggu kehadirannya oleh umat Islam di Indonesia. Kebijakan pemerintah berupa pemberian otonomi pendidikan dan otonomi daerah yang segera diberlakukan, mau tidak mau menuntut lembaga pendidikan, termasuk perguruan tinggi agama Islam, memiliki kemandirian, terbuka dan peduli dengan tuntutan zaman, dan mampu berkompetisi dengan lembaga pendidikan lainnya. Kemandirian harus ditempuh dan tidak boleh lagi bersikap menunggu dari atas. Mereka seharusnya tidak patut sekedar melakukan peran-peran sebagai pelaksana sebagaimana yang terjadi pada masa lalu.
Menghadapi suasana yang serba terbuka di alam demokratis, orang akan melakukan pilihan-pilihan rasional. Orang tidak akan hanya melakukan pilihan atas dasar hubungan paternalistik maupun juga atas dasar loyalitas kelompok atau paham/ideologi tertentu. Selain itu bahwa penghargaan terhadap perguruan tinggi oleh masyarakat tidak lagi semata-mata didasarkan pada tingkat status yang diberikan oleh pemerintah seperti berstatus negeri dan swasta; berakreditasi A, B atau C. Masyarakat akan semakin realistis dalam memilih perguruan tinggi. Tentu, perguruan tinggi yang dipilih adalah yang benar-benar mampu memberi bekal hidup dan nilai tambah bagi lulusannya. Oleh karena itu, perguruan tinggi yang ingin berdiri tegak harus lebih terbuka dan mampu melihat tuntutan riil masyarakat.
Di sisi lain mahasiswa dan alumni PTAI umumnya cenderung berfikir normatif, kurang mampu memahami konteks dan substansi empiris dari persoalan agama, sehingga berakibat pada kekurangmampuan mereka mengemukakan alternatif penyelesaian masalah yang sifatnya realistik. Pada bagian lain, materi pengajaran yang berkaitan dengan pandangan-pandangan keagamaan, hendaknya juga berorientasi pada situasi nyata yang dihadapi oleh umat dewasa ini.
